過去兩年有一項(xiàng)大熱的技術(shù)，大量研究人員通過這項(xiàng)技術(shù)解決重要科學(xué)問題，發(fā)表了大量高水平學(xué)術(shù)文章，這項(xiàng)技術(shù)便是單細(xì)胞測序技術(shù)。
單細(xì)胞測序技術(shù)，在這兩年得到了蓬勃發(fā)展。一些高通量的單細(xì)胞測序平臺開始為大家所熟知。有10×genomics單細(xì)胞測序平臺、以及Fluidigm、WaferGen、Illumina/Bio-Rad等。
這些平臺在很大程度上降低了單細(xì)胞測序的成本，使得單個細(xì)胞的測序成本變得極低。雖然單個細(xì)胞的成本降低了，但一個樣本需要產(chǎn)生大量細(xì)胞的數(shù)據(jù)，所以單個樣本的成本并沒有很低。大多數(shù)的研究者會因這幾十萬甚至上百萬的測序成本而對單細(xì)胞測序研究望而卻步。有些希望從事單細(xì)胞研究或者希望提供單細(xì)胞測序服務(wù)的單位，也會因?yàn)闇y序平臺高昂的價格而猶豫不決。
在這種形式下，上海凈信潛心研發(fā)兩年多，推出了單細(xì)胞測序平臺。該平臺基于Drop-seq的技術(shù)原理，能夠一次完成數(shù)千甚至上萬細(xì)胞的單細(xì)胞測序。
大家所熟知的10×genomics單細(xì)胞胞測序平臺依托的技術(shù)手段稱之為inDrop-seq，論文在2015年發(fā)表與Cell雜志。該方法利用微液滴技術(shù)將帶有條形碼、索引分子、引物及其他的凝膠珠與單細(xì)胞混合。每個液滴內(nèi)開展逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)，以產(chǎn)生測序所用的帶有條形碼的cDNA。
10×genomics單細(xì)胞測序平臺原理圖
有意思的是，凈信使用的Drop-seq技術(shù)與inDrop-seq技術(shù)發(fā)表與同一期的Cell雜志上。Drop-seq也是利用微流控技術(shù)將細(xì)胞分開，并與帶有特定條形碼的磁珠混合。磁珠上的Poly(dT)將細(xì)胞內(nèi)的信使RNA捕獲。收集磁珠凈信逆轉(zhuǎn)錄和擴(kuò)增，得到測序所用的帶有條形碼的cDNA。與inDrop-seq不同的是，Drop-seq的逆轉(zhuǎn)錄的過程是在液滴外進(jìn)行的，這樣逆轉(zhuǎn)錄的效率會更高。
凈信單細(xì)胞測序儀原理圖
凈信的單細(xì)胞測序儀不管是從原理還是從測試結(jié)果看，都完全能媲美進(jìn)口儀器。它每個樣本能夠產(chǎn)生5000~10000個細(xì)胞，對上機(jī)樣本的要求不再那么嚴(yán)苛。為防止實(shí)驗(yàn)失敗造成的損失，機(jī)器還特別添加了能夠監(jiān)控實(shí)驗(yàn)過程的系統(tǒng)，一旦出現(xiàn)管道堵塞等情況，便可以及時止損。而最最最關(guān)鍵的還是：該平臺不論是從機(jī)器的購買成本，還是試劑耗材的成本都非常低。該平臺的問世，再次將單細(xì)胞測序的價格拉低了一個臺階，使得更多的研究人員能夠去利用這一先進(jìn)的技術(shù)手段進(jìn)行研究工作。
凈信單細(xì)胞測序儀樣機(jī)圖
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